Christoph Wyneken studierte Violine an den Musikhochschulen in Berlin, in Detmold und Austin/Texas USA. Vor allem seine Arbeit mit Andor Toth (Galamian-Schule) und George Neikrug (Dounis-Schule) haben ihn als Lehrer entscheidend geprägt.
Seine Laufbahn als Orchestermusiker begann er als 2. Konzertmeister des Radio-Sinfonie-Orchesters Berlin und bei den Berliner Philharmonikern. Nach Abschluss seiner Orchesterkarriere unterrichtete Christoph Wyneken zwischen 1989 und 2007 Kammermusik an der Hochschule für Musik in Freiburg.
Als Dirigent ist Christoph Wyneken in ganz Europa, in verschiedenen Ländern Nord- und Südamerikas, in Japan, Korea, den GUS-Staaten und Nordafrika aufgetreten.Seine Zusammenarbeit mit der NDR-Radio-Philharmonie, dem Stuttgarter Philharmonikern, dem Berner-Symphonie-Orchester (BSO), dem Stuttgarter Kammerorchester, dem Pforzheimer Kammerorchester, der Badischen Kammerphilharmonie, dem Orchester in Halle, Kattowitz, Breslau und vielen anderen Orchestern sind auf zahlreichen Aufnahmen ebenso dokumentiert wie die Zusammenarbeit mit den internationalen Solisten Tabea Zimmermann, Aaaron Rosand, Claudio Bohorquez, Emanuel Schmidt und Reinhold Friedrich.
Sein musikalisches, fachliches und pädagogisches Wissen verbunden mit seiner Erfahrung als Solist, Kammermusiker, 1. Konzertmeister und Dirigent haben Christoph Wyneken zu einem gefragten Orchesterleiter für professionelle Orchester sowie für erstklassige Jugendorchester wie das Landesjugendorchester Baden-Württemberg gemacht. Sein unermüdliches Engagement für die Ausbildung und Förderung hochbegabter, junger Musiker und sein Engagement als künstlerischer Leiter des Landesjugendorchesters Baden-Württemberg, das er von 1972 - 2013 leitete, wurden 2003 von Bundespräsident Johannes Rau mit dem Bundesverdienstkreuz ausgezeichnet.
Als Gastprofessor leitete Christoph Wyneken verschiedene Projekte mit Universitätsorchestern wie dem TOHO Symphonieorchester Japan, dem Musachino Konservatorium in Tokio, dem SAYOWE Orchester Mahidol der Universität Bangkog und dem USC der Universität in Los Angeles. Seit 2004 ist Christoph Wyneken zudem Dozent und Leiter der Streicherabteilung beim Idyllwild Summer-Festival in Los Angeles.