Frederike Wagner studierte an der Musikhochschule Trossingen bei Prof. Renie Yamahata, an der Karajan-Akademie der Berliner Philharmoniker bei Marie-Pierre Langlamet und mit einem Stipendium der Landesstiftung Baden-Württemberg am Conservatorio die Musica in Verona/Italien. 2003 legte sie ihre künstlerische Abschlussprüfung mit Auszeichnung ab, 2007 die Solistenklasse.

Frederike Wagner erhielt zahlreiche Auszeichnungen und Preise bei internationalen Wettbewerben, u.a. in Wien und Belgien. Sie war Stipendiatin der Studienstiftung des deutschen Volkes sowie der Karajan-Akademie Berlin und wirkte bei den Berliner Philharmonikern unter Dirigenten wie Sir Simon Rattle, Claudio Abbado, Bernhard Haitink, André Prévin und Pierre Boulez mit. Gastengagements führten sie u.a. zum Deutschen Symphonieorchester Berlin, dem HR-Sinfonieorchester Frankfurt, dem WDR-Sinfonieorchester und dem Radio-Sinfonieorchester Stuttgart.

Seit der Spielzeit 2004/2005 ist Frederike Wagner als Solo-Harfenistin am Staatstheater Stuttgart engagiert. 2011 bis 2013 war sie als Solo-Harfenistin an der Königlichen Dänischen Oper in Kopenhagen tätig. Seit 2016 ist sie außerdem Mitglied im Bayreuther Festspielorchester.